马鞍山地区耳聋相关基因变异分析

中华耳科学杂志,年16卷1期

马鞍山地区耳聋相关基因变异分析

王栋魏澄章雪芹胡晓武

耳聋是人类的常见疾病之一，与遗传因素密切相关[1]。遗传性耳聋分为综合征型和非综合征型，其中70%为非综合征型。非综合征型耳聋可以分为常染色体显性(DFNA，15-20%)、常染色体隐性(DFNB，80%)、性连锁(DFNX-linked、DFNY-linked，1%)和线粒体遗传性耳聋(1%)四类[2]。迄今为止，超过个综合征型和非综合征型耳聋基因被发现，但仍有大量的遗传性耳聋致病基因不明确，而多数耳聋基因突变极为罕见，只在单个或极少数的家庭中被报道[1]。

马鞍山市妇幼保健院儿保科听力筛查中心对例新生儿进行DPOAE+AABR联合听力筛查，经听力学诊断，听力异常58例，听力损失检出率为9.57‰(58/)[3]。同时遗传性耳聋基因筛查是新生儿听力筛查很好的补充，有助于迟发性耳聋的早期发现及预防[4]。为了解地区人群中的耳聋相关基因位点变异信息，为听力损失的遗传学成因分析提供参考依据，本文通过检出马鞍山地区人群中GJB2、GJB3、SLC26A4和MT-RNR1基因位点的变异，分析各变异的频率和基因型分布，探索听力损失与正常听力人群中的频率分布差异，研究位点变异与听力损失间的关系。本文参照HGVS命名规范[5-6]来描述所有的基因变异，其中c.insAACG[7]描述为c._dup，ins46[8]描述为c._dup。

1资料与方法

1.1研究对象

年12月-年2月于马鞍山市临床检验中心接受遗传性耳聋基因芯片检测的共名受检者，包括马鞍山市妇医院出生的新生儿名，市妇幼保健院儿保科听力筛查中心门诊的婴幼儿及成人72名。新生儿的平均日龄为3.31±1.02天，门诊婴幼儿及成人的年龄1月至29岁不等，年龄中位数为3个月。男性共名，女性共名。经听力学评估确诊为听力损失的共58名。经Sanger测序检测的受检者共名，其中GJB2基因测序的有名，GJB3基因测序的有46名，SLC26A4基因测序的有97名，MT-RNR1基因测序的有76名，部分受检者对两个及两个以上的基因进行测序。所有受检者均已签署知情同意书。

1.2方法

1.2.1标本的采集及处理

新生儿受检者采集足跟血，门诊受检者采集2mLEDTA抗凝全血后，在空白滤纸片上制成血斑标本。人基因组DNA提取采用北京天根生化科技有限公司的干血斑基因组DNA提取试剂盒，操作步骤参照说明书进行。

1.2.2热点致病变异的检测

应用博奥生物有限公司的晶芯九项遗传性耳聋基因检测试剂盒(微阵列芯片法)检测中国人群中的四个耳聋相关基因上的九个热点致病变异，即GJB2c.35del、c._del、c.del、c._del，GJB3c.C＞T，SLC26A4c.-2A＞G、c.A＞G，MT-RNR1m.C＞T、m.A＞G。配合芯片洗干仪、微阵列芯片扫描仪和判别软件对芯片进行清洗、扫描和结果判读。对判读结果中的所有阳性标本和随机挑选的部分阴性标本，送至北京博奥晶典生物技术有限公司进行Sanger法测序验证。

1.2.3其它位点变异的检测

参考四个耳聋相关基因的NCBI参考序列，对测序结果的所有序列文件进行MegAlign比对，去除测序带来的前后段差异，截选中段的一致序列作为每个基因的可监测区域。选择野生型作为参考峰图，应用MutationSurveyor2.28软件查找其余峰图中的位点变异。位点变异及其临床表征参考NCBIdbSNP数据库Build(







































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